Tidigt väcktes intresset för den i Sverige då helt nya grenen av plastikkirurgi som kallas mikrokirurgi. På eget initiativ besökte han ett flertal internationellt välkända mikrokirurgiska kliniker. En period tillbringades med den legendariske mikrokirurgen Marko Godina i Ljubljana. Detta resulterade i att den första mikrokirurgiska operationen i Stockholmsregionen kunde utföras 1981. Efter det var Per Hedén en av de drivande i uppbyggnaden av mikrokirurgin i regionen. Genom sin specialistkompetens i plastikkirurgi 1982 erbjöds han en tjänst i Adelaide, Australien. Han tillbringade mer än ett år i Australien och var under denna period också "visiting fellow" i Melbourne. Efter detta följde plastikkirurgisk forskning i USA under professor Elof Eriksson. Först i Springfield, Illinios och sedan vid Harvard University i Boston.

Per Hedén erhöll fast tjänst som avdelningsläkare på plastikkirurgiska kliniken vid Karolinska sjukhuset 1985 och som överläkare på plastikkirurgiska kliniken vid Sabbatsbergs sjukhus 1990. Sedan dess har han också haft chefskapet för den mikrokirurgiska verksamheten i södra Stockholm. I slutet av 1980-talet undersökte han möjligheterna att etablera ett privatsjukhus som endast sysslade med plastikkirurgi i Stockholmsregionen. Detta resulterade i att han tillsammans med kollegan Dr. Jan Jernbeck byggde upp och startade Akademikliniken. Denna stod klar 1991.